ДНК-ШТРИХКОДИРОВАНИЕ НЕКОТОРЫХ ВИДОВ ТЛЕЙ ФАУНЫ БЕЛАРУСИ
Сироткина Д. П., Левыкина С. С. (БГУ, Минск)
Научный руководитель – М. М. Воробьева, кандидат биологических наук
Одним из важнейших аспектов изучения биологического разнообразия, а также контроля распространения насекомых-фитофагов является корректная идентификация таксономической принадлежности. Поскольку среди тлей присутствуют виды, трудно дифференцируемые по признакам морфологии, их точное определение представляет большую сложность. Эффективным методом идентификации тлей, трудно дифференцируемых по морфологическим признакам, является ДНК-штрихкодирование (ДНК-баркодинг). В основе концепции ДНК-баркодинга лежит представление о том, что каждый биологический вид может быть идентифицирован по короткому и универсальному фрагменту ДНК. В результате длительных поисков в качестве ДНК-штрихкода для животных, в том числе насекомых, было принято решение использовать митохондриальный ген субъединица 1 цитохром-с-оксидазы (COI) [1].
В рамках настоящего исследования мы оценили представленность нуклеотидных последовательностей гена COI в Международных генетических базах данных (BOLD [2], GenBank [3]) для некоторых видов тлей фауны Беларуси и получили для этих видов тлей ДНК-штрихкоды.
ДНК выделяли по стандартной методике, предложенной производителем (GeneJET Plant Genomic DNA Purification Mini Kit (Thermo scientific, Литва)). Для получения целевого фрагмента гена COI использовали праймеры LepR (ATTCAACCAATCATAAAGATATTGG) / LepF (TAAACTTCTGGATGTCCAAAAAATCA) [4]. Секвенирование ПЦР-продуктов выполнялось Центром ДНК-штрихкодирования Института Биоразнообразия Онтарио при университете Гуэлфа (Канада).
|
|
|
На территории Беларуси коллектировано 11 видов тлей и идентифицированы как Aphis craccivora Koch, Aphis spiraecola Patch., Aphis gossypii Glov., Aphis pomi Patch., Myzus persicae (Sulz.), Myzus cerasi Fabr., Aphis fabae Scop., Macrosiphum rosae L., Brachycaudus divaricatae Shap., Macrosiphum gei Koch, и Appendiseta robiniae (Gill.). Как с численной, так и географической точки зрения в Международных базах данных нуклеотидных последовательностей (BOLD, GenBank) хорошо представлены последовательности гена COI следующих видов тлей: A . craccivora, A . spiraecola, A . gossypii, M . persicae, M . cerasi, A. fabae, M . rosae и A . pomi и B . divaricatae. Нуклеотидные последовательности COI тлей A . robiniae и M . gei в генетических базах представлены плохо.
Учитывая крайне недостаточную представленность в Международных базах данных последовательностей для анализируемых видов тлей, коллектированных в Беларуси, мы получили для этих видов тлей ДНК-штрихкоды и депонировали расшифрованные последовательности гена COI в BOLD.
Нуклеотидные последовательности гена COI получены, расшифрованы и депонированы в BOLD для следующих видов тлей фауны Беларуси, в частности, A. craccivora [TLAPH008-15], A. spiraecola [MG027897], A. gossypii [TLAPH086-15], M. persicae [TLAPH074-15], A. fabae [TLAPH075-15], A. pomi [MG027896], B. divaricatae [TLAPH002-15] и M. gei [TLAPH080-15].
|
|
|
Таким образом, можно заключить, что были получены нуклеотидные последовательности гена COI 11 видов тлей рецентной фауны Беларуси. Последовательности COI 8 видов тлей депонированы в BOLD, находятся в открытом доступе и могут быть использованы для идентификации видов, а также изучения внутривидового и межвидового генетического полиморфизма.
Исследования выполнены при финансовой поддержке Белорусского республиканского фонда фундаментальных исследований (договор № Б18МВ-008).
Литература
1. Barcoding of life: Беларусь – участник глобальной инициативы по ДНК-штрихкодированию жизни
/ Н. В. Воронова [и др.] // Труды БГУ. – 2014. – Т. 9, Ч. 1. – С. 167−171.
2. GenBank Overview [Electronic resource] / GenBank Overview. – USA, 2017. – Mode of access: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/. – Data of access: 05.02.2019.
3. BOLD Systems v4 [Электронный ресурс] / BOLD Systems v4. – Ontario, 2017. – Режим доступа: http:/www.barcodinglife.org/index.php/TaxBrowser_Home. – Дата доступа: 05.02.2019.
4. DNA barcodes distinguish species of tropical Lepidoptera / M. Hajibabaei [et al.] // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. – 2006. – Vol. 103, n. 4. – P. 968−971.
Дата добавления: 2019-07-15; просмотров: 180; Мы поможем в написании вашей работы! |
Мы поможем в написании ваших работ!